Những việc xảy ra trong Quả táo bất hòa đã dẫn đến cuộc chiến nổi tiếng nhất trong Thần thoại Hy Lạp: cuộc chiến thành Troy. Cuộc chiến này được kể lại trong trường ca sử thi Iliad của Homer. Sau khi được Aphrodite hứa hẹn tình yêu của người phụ nữ đẹp nhất thế gian, Paris bắt cóc Helen, vợ của vua Menelaus xứ Sparta. Dù Menelaus yêu cầu trả lại Helen, Paris từ chối. Tức giận, Menelaus kêu gọi anh trai mình, Agamemnon, tập hợp một đội quân Hy Lạp hùng mạnh để tấn công Troy.
Tại cảng Aulis, đội quân hùng mạnh này tụ họp, bao gồm những anh hùng vĩ đại nhất Hy Lạp như Achilles, Patroclus, Odysseus, Nestor và nhiều người khác. Tuy nhiên, gió không thổi để đưa thuyền ra khơi, khiến các chiến binh bắt đầu bất mãn. Nguyên nhân là vì Agamemnon đã giết một con nai thiêng của nữ thần Artemis. Để chuộc lỗi, Agamemnon buộc phải hy sinh con gái mình, Iphigenia, để làm hài lòng nữ thần. Sau khi hiến tế, gió đã trở lại và quân đội Hy Lạp bắt đầu hành trình.
Cuộc chiến kéo dài chín năm, nhưng quân Hy Lạp vẫn không thể vượt qua bức tường thành kiên cố của Troy. Cuối cùng, Odysseus nghĩ ra một mưu kế tài tình: chế tạo một con ngựa gỗ khổng lồ, rỗng bên trong, để một nhóm nhỏ chiến binh ẩn náu. Phần còn lại của quân Hy Lạp giả vờ rút lui, để lại con ngựa như một món quà hòa bình. Bất chấp lời cảnh báo của tiên tri Cassandra và một số người khác, người dân Troy mang con ngựa vào trong thành và ăn mừng bằng rượu và âm nhạc.
Khi đêm buông xuống, lúc tất cả đã ngủ say, các chiến binh Hy Lạp chui ra từ con ngựa gỗ và mở cổng thành. Quân đội Hy Lạp tràn vào, phá hủy Troy trong một đêm định mệnh. Trong trận chiến, Achilles, vị anh hùng vĩ đại nhất của Hy Lạp, cũng đã bỏ mạng sau khi bị mũi tên bắn trúng gót chân – điểm yếu duy nhất của chàng.
Cuộc chiến này không chỉ là cuộc đối đầu giữa con người mà còn là sự tham gia của các vị thần. Hera, Poseidon và Athena đứng về phía Hy Lạp, trong khi Ares và Aphrodite ủng hộ quân Troy. Cuộc chiến thành Troy không chỉ để lại dấu ấn trong Thần thoại Hy Lạp mà còn trở thành biểu tượng cho lòng dũng cảm, sự hy sinh và bi kịch của con người trước định mệnh.
